Construida sobre la primitiva iglesia medieval de Santa María, construída a finales del XII y reparada en 1334. Los justicias de la villa de Ponferrada ordenaron en 1567 que la primitiva iglesia no se derribase hasta que se hiciese la nueva capilla Mayor.
Las obras comenzarán en 1573 y no se terminaría hasta el último tercio del siglo XVII, al margen de otras obras notables como el camarín, Sacristía Mayor, el coro y el remate de la torre, que se fabricarían durante el primer tercio del siglo XVIII. Cuando la villa decide la construcción de una nueva iglesia en los años centrales del Quinientos, atravesaba, al igual que el resto del país, una coyuntura económica favorable, como pocas veces había conocido en su historia. Sin embargo, a finales de la centuria, las circunstancias habían cambiado: una fuerte crisis mixta, económica, de subsistencia y demográfica azotaba todo el interior de la Península Ibérica, por lo que la villa no tendrá dinero para proseguir las obras con la dignidad comenzada. Por este motivo no solamente se paralizarán frecuentemente las obras sino que se cambiarán sus trazas y condiciones y se alargarán los plazos de financiación.
Estilísticamente, es deudora de los modelos de las iglesias de Trasmiera, pese a los cambios operados en ella. En su construcción internienen en los siglos XVI y XVII solamente maestros cántabros, de Trasmiera y Liendo, mientras que en las obras del XVIII, Sacristía Mayor y nuevo campanario, maestros gallegos. Se la puede considerar como una síntesis entre el renacimiento tardío y clasicismo trasmeranos de los siglos XVI-XVII y el barroco gallego del XVIII.
La Iglesia de Nuestra Señora de la Encina presenta una fábrica de piedra de grano en esquinales, vanos, arcos, campanario y portadas, y de mampostería en muros y bóvedas. Miles de carros de piedra de grano y de canto rodado salieron de las canteras y pedreras de la villa (Monte Arenas, San Andrés de Montejos y Columbrianos) y del cauce del Sil para poder frente a tan magnífica fábrica, las más monumentales de cuantas iglesias parroquiales se han levantado en el Bierzo. En su exterior destacan, entre la sobria obra de fábrica, la torre y la portada principal.
En el interior destaca el Retablo Mayor, obra del ensamblador local Mateo Flórez, que sigue el modelo de la Catedral de Plasencia. En el centro con hornacida la Virgen de la Encina. Destaca el Camarín, sus espejos veneciados ahora en restauración, la copia en plata de la Virgen de la Encina, patrona de la ciudad y del Bierzo. Así como multitud de capillas con retablos menores, imágenes veneradas destacando el Cristo de la Fortaleza, románico. El órgano y una pinacoteca no expuesta en su totalidad por falta de espacio.
Fuente: Basílica Virgen de La Encina. Vicente Fernández. Edilesa 57.